عبدالعلی مزاری، ارادت خاصی به امام خمینی داشت. در نخستین اقدام خود را در نجف کنار امام خمینی رسانید و پیام های امام خمینی و نوارهای سخنرانی، کتاب ولایت فقیه وی را به افغانستان ارسال می کرد. شیخ عابدین احمدی، از شاگردان شادروان مزاری می‌گوید که مزاری به جرم داشتن کتاب ولایت فقیه و پیام های امام خمینی در مرز خسروی دستگیر و در زندان اوین تهران شش ماه(در بعضی نقل ها فقط 2 روز) را همراه با شهید رجایی رئیس جمهور فقید ایران در یک سلول زندانی بود.(عابدین احمدی، گفتگو با موسسه صراط مبین، ۱۳۹۲)
به نوشته روزنامه جوان، مزاری در ايران با آيت‌الله جوادي‌آملي و آيت‌الله نوري همداني، به‌خصوص آيت‌الله مشكيني و شخص آيت‌الله خامنه‌اي صميمي‌ترين رابطه دوستي و همكاري را برقرار كرده بود تا جايي كه چندين بار به تبعيدگاه آيت‌الله مشكيني در كاشمر رفت و خبر مي‌گرفت و قسمتي از درس‌هاي سطح (رسايل و مكاسب) را پيش ايشان خوانده بود. او بارها براي ديدار با آيت‌الله خامنه‌اي به مشهد رفت و با ايشان رفت وآمدهاي مكرر و محرمانه‌اي داشت.(خبرگزاری رسا به نقل از جوان، ۱۳۹۵)
برخلاف رهروان امروز مزاری که تلاش دارند از وی یک چهره ضد دین و ضد ایران ترسیم کنند، مزاری خود را پیرو راستین ولایت فقیه می دانست و بیشترین کمک ها را نیز از ایران به دست می آورد.
یکی از دلایلی که حزب حرکت با ایجاد حزب وحدت تحت زعامت مزاری چندان راضی نبود، دیکته بیش از حد مزاری از سوی ایران برای رهبری و پیروی از ولایت فقیه بود. آیت الله محسنی به عنوان شاگرد آیت الله خویی باورمند به ولایت مطلقه فقیه نبود از این رو زیر بار حزب وحدتی نمی رفت که در مفاد اول آن تاکید بر “اصل پیروی از ولایت فقیه” آن هم با اجرایی مزاری شده بود. به هرحال حزب وحدت با فشار ایران تشکیل و مزاری دبیرکل آن تعیین شد. و حزب حرکت اسلامی به دلیل عدم همراهی با مزاری، دفاتر این حزب از سال ۱۳۶۹ تا ۱۳۷۵ در ایران مسدود شد. مرحوم بصیر احمد دولت آبادی، از یاران نزدیک شادروان مزاری می نویسد که آیت الله محسنی شاگرد آیت الله خویی و رقیب امام خمینی بود. روابط محسنی با ایران هرگز حسنه نبود. حزب حرکت وقتی در سال ۱۹۸۳ مورد حمله سازمان نصر قرار گرفت، با شورای اتفاق متحد شد.(شناسنامه احزاب سیاسی افغانستان، ص ۲۵۹)
از سوی دیگر بسیاری از رهروان فعلی مزاری تلاش دارند تا مزاری را چهره کاریزمای منهای کمک های خارجی جلوه دهند. به قول محسن روحی صفت، دیپلمات ارشد ایران، در حالی‌که حتی در اوج جنگ داخلی وقتی مسعود از ایران درخواست کمک فرهنگی برای کارهای هنری و سینمایی می‌کرد، همان زمان مزاری از ایران خواستار کمک مالی و نظامی بود و ایران با وجود تلاش برای مصالحه، اما بودجه تشکیلات حزب وحدت مستقر در غرب کابل پرداخت می کرد. (محسن روحی صفت، روزنامه شرق، ۱۳۹۹)
به نقل از مرحوم بصیر احمد دولت آبادی در کتاب شناسنامه احزاب سیاسی افغانستان، که وی خود از بنیان گذاران سازمان نصر نیز است، سازمان نصر بر پیروی از خط امام خمینی تاسیس گردید. همچنین در مفاد اول حزب وحدت “پیروی از اصل ولایت فقیه” درج است. (شناسنامه احزاب سیاسی افغانستان، ص ۲۹۸)
آقای دولت آبادی که سال ها با مزاری بوده و مزاری‌پژوه است در رابطه با حضور مزاری در قم و علاقه‌اش به امام خمینی می‌نویسد: «استاد «مزاری» تمامی گم شده خویش را در وجود امام خمینی می‌یابد و در راه امام خمینی فداکاری‌ها و از خودگذشتگی‌ها نشان می‌دهد.»(گفتگو با دولت آبادی، خبرگزاری تسنیم، ۱۳۹۲)
مرحوم قربانعلی عرفانی در کتاب حزب وحدت از کنگره تا کنگره می نویسد که پس از تاسیس حزب وحدت وقتی همراه استاد مزاری ایران رفتیم، وی در دیدار با آیت الله خامنه‌ای نخستین جمله‌ای را که گفت این بود: حزب وحدت از برکت روح امام خمینی شکل گرفت.(حزب وحدت از کنگره تا کنگره، ص۲۰۴)
حالا که سازمان نصر و حزب وحدت با پول و امکانات و پشتبانی ایران تاسیس و مزاری که با دیکته ایران رهبر شد و همچنین در پیروی از اصل ولایت فقیه هیچ حد و مرزی نمی شناخت، چرا عده‌ی تلاش دارند از وی یک چهره ضد ایران و… ترسیم کنند؟
۲۵حوت ۱۴۰۲